Nacionālo bruņoto spēku Instruktoru skola dibināta 2000.gada 1.novembrī uz Zemessardzes Kājnieku mācību centra bāzes.
Skola dislocēta Cēsīs, bijušajās Daugavpils 8.kājnieku pulka kazarmās.
Tās nosaukums izvēlēts, ņemot vērā pirmskara Latvijas armijas tradīciju seržanta sastāvam lietot apzīmējumu - instruktori.
Armiju sāk komandēt tās mazāko vienību komandieris, piemēram, kājniekiem tas ir nodaļas komandieris - kaprālis. Tāpēc tieši viņa apmācība ir vissvarīgākā, jo bez labām nodaļām nav labu vadu, rotu, bataljonu un armijas. NBS Instruktoru skolas mērķis, kopš tās dibināšanas, ir nodrošināt NBS ar vienotu, kvalitatīvu, standartiem atbilstoši apmācītu instruktoru korpusu.
Skolas personāls galvenokārt tika komplektēts no bijušā Zemessardzes Kājnieku mācību centra zemessargiem un karavīriem no BALTBAT Latvijas rotas.
2000.gada 1.novembrī skola darbu uzsāka 17 darbinieku sastāvā. Šobrīd NBS Instruktoru skolā dien vairāk kā 90 karavīru un civilpersonu.
Instruktoru skolas pasniedzēji un instruktori savu kvalifikāciju ir ieguvuši un paaugstinājuši Dānijā, Zviedrijā, Lielbritānijā, ASV, Norvēģijā, Vācijā Čehijā, Slovākijā, un citās valstīs, kā arī Latvijas augstskolās un militārajās mācību iestādēs.
Vairāki skolas karavīri ir piedalījušies starptautiskajās miera nodrošināšanas misijās Bosnijā, Kosovā, Irākā un Afganistānā, kā arī bijuši pasniedzēji ārvalstu instruktoru vadītajās mācībās Latvijā un citās valstīs.
2003.gadā NBS Instruktoru skola pārņēma no Zemessardzes 2.kājnieku brigādes bāzes Cēsīs, Valmieras ielā 8 apsaimniekošanu. Administratīvā un mācību korpusa, kā arī, daļēji, bāzes teritorijas renovācija pabeigta 2005.gadā.
2004.gadā uzsāka Cēsu garnizona dienesta organizēšanu. Cēsu garnizonā ietilpst Amatas, Cēsu, Jaunpiebalgas, Līgatnes, Pārgaujas, Priekuļu, Raunas, Vecpiebalgas, Alojas, Limbažu un Salacgrīvas novadi, kuri pirms administratīvi teritoriālās reformas atradās Cēsu un Limbažu rajona teritorijā. Instruktoru skolas komandieris ir arī Cēsu garnizona priekšnieks. Garnizona komandanta pienākumus pilda Instruktoru skolas komandiera vietnieks.
2004.gadā NBS Instruktoru skola pārņēma no Zemessardzes Studentu bataljona augstskolu studentu militāro apmācību, bet 2009.gadā šīs apmācības ir pārtrauktas.
2005.gadā uzdevumi papildinās ar virsnieka kandidāta apmācības posmu (nodaļas apmācība).
NBS Instruktoru skolas komandieri:
kapteinis Ilmārs Lejiņš - 01.11.2000.-04.08.2004.
Majors Jānis Lakševics – 04.08.2004. – 13.12.2007.
Majors Sandris Gaugers – 13.12.2007. – šobrīd.