Jūras spēku mācību centrs izveidots saskaņā ar Latvijas Republikas Izglītības ministrijas 1991.gada 1.oktobra pavēli Nr.412 „Par Jūras spēku Mācību centra izveidošanu Liepājas Jūras koledžā”, kurā mācības uzsāka jūras robežsargi.

1991.gada 13.novembrī LR Augstākā Padome nobalsoja par Aizsardzības ministrijas izveidošanu, kuras pakļautībā nonāca Jūras spēku mācību centrs.

1992.gada 21.janvārī nodibināja Aizsardzības spēku štābu, kura sastāvā 25.janvārī izveidoja Jūras spēku pārvaldi.

Jūras spēku mācību centrs bija pirmā atjaunoto LR Jūras spēku apakšvienība. Tā pildīja sekojošus LR Aizsardzības ministrijas (sākotnēji Latvijas Republikas Sabiedrības Drošības Departamenta) uzdevumus:

• LR Jūras spēku izveidošana;
• personāla (kuģu komandējošā sastāva un apkalpes) sagatavošana;
• obligātā dienesta jauniesaukto karavīru apmācība.

1992.gada 8.februārī notika pirmais iesaukuma zvērests. Obligātā militārā dienesta karavīru apmācība bija viens no galvenajiem uzdevumiem līdz pārejai uz profesionālo militāro dienestu.

No 1992.gada 28.augusta līdz 1993.gada 12.janvārim Jūras spēku mācību centrs bija iekļauts LR Jūras spēku Liepājas divizionā.

1993.gada 12.janvārī uz Liepājas Jūras diviziona bāzes izveidoja Jūras spēku Dienvidu rajonu. Jūras spēku mācību centrs personālsastāvs tika pārcelts un apstiprināts Jūras spēku Dienvidu rajona štatos.

Ar 1994.gada 1.septembri Jūras spēku mācību centram tika piešķirts juridiskas personas statuss un nosaukums papildināts ar vārdu „Liepājas”, turpmāk – Jūras spēku Liepājas Mācību centrs, kas atdalījās no Dienvidu rajona un mainīja dislokācijas vietu uz Karostu, Atmodas bulvārī 9.

Mācību centra struktūru veidoja:

• pārvalde:Mācību centra priekšnieks, mācību daļas priekšnieks, vecākie pasniedzēji, rotu komandieri – pasniedzēji, vadu komandieri – pasniedzēji, pasniedzēji, mācību grupu komandieri;
• lietvedība - lietvedības priekšnieks, lietvedis.

Mācību centra darbs tika organizēts saskaņā ar Jūras spēku Liepājas Mācību centra 1994.gada 7.septembra pavēli Nr.88 „Par iekšējā dienesta organizāciju” un 1994.gada 26.septembra pavēli Nr.129 „Par ieskaitīšanu Mācību centra štatu sarakstā”.

Jūras spēku mācību centra 4 gadu jubilejā, 1995.gada 1.oktobrī, tika iesvētīts Jūras spēku mācību centra karogs.

1997.gada 1.jūlijā Jūras Spēku Liepājas Mācību centrs tiek pārdēvēts par Jūras spēku mācību centru, iekļaujot tajā Jūras spēku veselības aprūpes centru.

1997.gada jūlijā, Jūras Spēku komandieris G. A. Zeibots apstiprināja Jūras spēku mācību centra krūšu zīmi.

Ar 1999.gada 1.jūliju tika apstiprināta Jūras spēku vienību struktūra, piešķirot tām juridisku personu statusu.

JSMC struktūru veido:

• MC štābs;
• Mācību daļa;
• Mācību rota;
• Virsnieku saieta nams.

Mācību centra administratīvo un mācību darbu vada komandieris. Šajā laikā Jūras spēku mācību centra galvenie uzdevumi:

• matrožu apmācība jūrniecības specialitātēs;
• Virsdienesta instruktoru profesionālā sagatavošana;
• Virsnieku kvalifikācijas celšana;
• Personālsastāva svešvalodu apmācība.

Mācību darbs ir Mācību centra pamatdarbība un ietver sevī mācību procesa plānošanu, organizēšanu un realizēšanu. Mācību programmas izstrādā mācību daļa, paraksta Mācību centra komandieris un apstiprina NBS komandieris. Mācību gada plānu apstiprina Jūras spēku komandieris.

1997.gadā apstiprināta Jūras spēku mācību centra Krūšu nozīme.

Ievērojama Mācību centra izaugsme vērojama pēc Jūras Spēku iesaistīšanās BALTRON projektā un BALTRON eskadras izveidošanas. Šī projekta ietvaros, lai apmācītu personālsastāvu BALTRON eskadras vajadzībām, tika izveidotas divas skolas. 2000.gada 1.decembrī Jūras spēku mācību centrs atklāja BALTRON Pretmīnu skolu. Savukārt 2001.gada 5.septembrī tika atklāta Jūras spēku mācību centra Ūdenslīdēju skola. Šajās skolās tie apmācīts trīs Baltijas valstu Jūras Spēku personāls, kas piešķir Jūras spēku mācību centram starptautisku nozīmi.

2003.gads ir norisēm bagāts. Vēsturisks tas ir Mācību rotai, jo pēc vairāku gadu pārtraukuma, Jūras spēku mācību centrā tika atjaunota jauniesaucamo karavīru uzņemšana un līdz 2005.gada oktobrim ir 11 iesaukumi.

2006.gads Jūras spēku mācību centram ir atnesis zīmīgas izmaiņas sakarā ar bruņoto spēku profesionalizāciju, kas tieši ietekmēja Mācību centra darbību. Jau 2005.gadā tika veikts liels darbs, pārstrādājot un pieskaņojot mācību programmas nu jau profesionālā militārā dienesta jūrnieku līmenim, izstrādātas jaunas programmas un ar 2006.gada 12.maija Aizsardzības ministra pavēli Nr.166 tika apstiprināts NBS Jūras spēku mācību centra štats, kurā tiek akceptēta divu skolu izveide – Ūdenslīdēju skola un Jūrniecības un taktikas skola. Mērķauditorija ir profesionālā militārā dienesta karavīri.

Savā pastāvēšanas laikā Mācību centrs ir sniedzis teorētisko, praktisko un metodisko palīdzību NBS struktūrvienībām, sagatavojot labi trenētu, motivētu jūrnieku personālsastāvu, spējīgu darboties Jūras Spēku apakšvienībās, paaugstinot virsnieku un instruktoru profesionālo zināšanu un iemaņu līmeni.

Jūras spēku mācību centrs, laikā no 1992.gada līdz 2007.gadam veicis vairāk kā 6900 bruņoto spēku karavīru apmācību. To skaitā 1018 profesionālā militārā dienesta karavīri sagatavoti dažādās jūrniecības specialitātēs, kā arī 4076 ibligātā militārā diensta matroži tika sagatavoti pēc kājnieku pamatapmācības programmas un dažādās Jūras Spēku specialitātēs.

Jūras spēku mācību centrs ir attīstījies un pilnveidojies pateicoties Mācību centra personālsastāvam. Lielu ieguldījumu vienības attīstībā ir devuši tās pirmie vadītāji – Ivars Virga, Mārtiņš Zemžāns, Ivars Vilcāns, Armands Pauris.

Jūras spēku mācību centra attīstība un sekmīga iekļaušanās BALTRON projektā notiek pateicoties turpmāko komandieru aktīvai darbībai un tie ir – komandkapteinis Vladimirs Dreimanis, komandkapteinis Andrejs Zvaigzne un komandkapteinis Rimants Štrimaitis.